Chùa Hội Linh được khởi lập vào năm 1907, theo dòng Thiền tông Lâm Tế. Khi mới được thành lập Chùa có tên gọi Hội Long Tự có ý mong muốn sự thịnh vượng tốt đẹp cho nhân dân quanh vùng. Năm 1914 chùa được đổi tên là Hội Linh Cổ Tự hay còn gọi là Chùa Hội Linh.
Hiện nay Chùa Hội Linh tọa lạc tại số 314/36 đường Cách Mạng Tháng Tám, phường Bùi Hữu Nghĩa, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ.
Sự hình thành và tồn tại của Chùa Hội Linh gắn liền với 2 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ xâm lược của nhân dân Cần Thơ. Từ năm 1941, Chùa Hội Linh là cơ sở bí mật của cách mạng. Các Hòa thượng, tăng ni và bà con phật tử trong vùng che chở, đùm bọc, nuôi chứa nhiều cán bộ, lãnh đạo. Năm 1946, để bảo vệ cơ sở cách mạng tại đây, Hòa thượng Thích Pháp Thân đã quyết định đốt một phần ngôi chính điện. Sự hy sinh của nhà chùa thể hiện tinh thần yêu nước, bảo vệ cán bộ, bảo vệ cơ sở cách mạng của các vị Hòa thượng và tăng ni.
Sau Hiệp định Genève 1954, Chùa Hội Linh vẫn tiếp tục là cơ sở cách mạng vững chắc và bảo vệ an toàn cho nhiều cán bộ cách mạng bám trụ hoạt động. Nghi ngờ Chùa Hội Linh là cơ sở cách mạng, địch từng cho một trung đội lính đến bao vây ngôi chùa, không tìm ra tang chứng, chúng bắt Hòa thượng Thích Pháp Thân cùng với 6 vị tăng và 6 phật tử giam giữ điều tra ở Nhà tù Phú Lợi (thuộc tỉnh Thủ Dầu Một, nay là tỉnh Bình Dương). Quân địch đã dùng mọi thủ đoạn dụ dỗ, mua chuộc, tra tấn rất dã man nhưng Hòa thượng Pháp Thân và các chư tăng, phật tử đều giữ vững khí tiết một lòng kiên trung với cách mạng. Trong thời kỳ chống Mỹ, nhà chùa còn công khai tiếp đón, giúp đỡ, lo chu đáo về chỗ ăn chỗ ở cho hơn 200 gia đình hàng tuần từ các nơi về đây thăm thân nhân là cán bộ, chiến sĩ cách mạng bị địch bắt giam tại Trại tù binh Lộ Tẻ.
Thắng lợi lịch sử của quân và dân thành phố Cần Thơ, trong đó có phần đóng góp đáng kể của các vị Hòa thượng, tăng ni, phật tử Chùa Hội Linh. Với những đóng góp cho sự nghiệp cách mạng của Chùa Hội Linh, Nhà nước đã trao tặng cho nhà chùa, các vị Hòa thượng trụ trì và bà con phật tử chung quanh Chùa Hội Linh nhiều Giấy khen, Bằng khen và Huân chương, Huy chương cao quý. Đặc biệt, ông Dương Văn Đề (tức Hòa thượng Thích Pháp Thân) được Nhà nước công nhận là Liệt sĩ và Chùa Hội Linh được tặng Huy chương kháng chiến hạng Nhất.
Bên cạnh những đóng góp to lớn trong cuộc đấu tranh giải phóng dân tộc, Chùa Hội Linh còn lưu giữ những tác phẩm có giá trị về nghệ thuật điêu khắc, các tượng Phật Thích Ca, Di Lạc, Ngọc Hoàng, các vị Kim Cang, tượng ông Giám Trai được thờ trong chùa là những tác phẩm điêu khắc mang giá trị thẩm mỹ cao.
Ngày 21/6/1993, Bộ Văn hóa - Thông tin đã quyết định xếp hạng Chùa Hội Linh là Di tích lịch sử cấp quốc gia.
Đỗ Linh Chi